Auffallend ist, dass häufig im Zusammenhang mit den kirchlich anerkannten Marienerscheinungen Glaubensphänomene erkennbar sind, die sich jeglicher naturwissenschaftlichen Deutung entziehen. Um kein Opfer von Falschmeldungen und tatsachenwidrige Behauptungen zu werden, wurden diese Glaubensphänomene seit je her nach dem jeweiligen Stand der Wissenschaft überprüft. Konnte kein Betrug nachgewiesen werden, wurde dennoch von skeptischer Seite immer wieder die Behauptung getätigt, dass es sich dabei um keine gottgewirkten Glaubensphänomene handeln könne. Es müsse sich dabei um naturwissenschaftlich erklärbare Phänomene handeln, die nur mangels genügendem naturwissenschaftlichen Verständnisses bislang noch nicht geklärt werden könnten.

Diese Schutzbehauptung kann für die Marienerscheinungen in Medjugorje nicht mehr geltend gemacht werden. Zu gut wissen wir im 21. Jahrhundert über die Möglichkeiten und Grenzen der Naturgesetze Bescheid und zu ausgefeilt und umfangreich waren die wissenschaftlichen Untersuchungen, an denen bisher mehr als 30 Spezialisten teilgenommen hatten.